Климат
Общината попада в континенталната Средиземноморска зона и се характеризира с планинския климат на умереноконтиненталната зона. За региона е характерна мека зима и сравнително сухо лято.

Валежите достигат своя връх през месец ноември и декември и средногодишната им стойност е 500 куб. мм. Постоянна снежна покривка се формира към средата на месец декември и е с продължителност 160 - 180 дни за 1 200 м. н. в.

Слънчевото греене в ниските части е средно 2 200 часа. Разнообразният релеф и ориентацията на долините обуславят наличието на съществени разлики в климата между по-ниските части и тези разположени на по-висока надморска височина. Най-ниските температури, измерени в района на Р. Манастир, са около а 25 С 0 (края на януари) максималните температури не надвишават 36 С 0.

Релеф
Релефът на Общината е с подчертан планински характер. Високопланинския пояс обхваща 52 % (190 кв. км) от територията на общината. Среднопланинския пояс заема 27 % (98 кв. км.). Планинския пояс е 15,5 % (56 кв. км.) от общата територия на общината. Едва 5,5 % (20 кв. км.) са под 500 м. надморска височина. Територията, в която надморското равнище е най-ниско се намира в западната част на общината и включва съставните й селища.

Върхове

• в. Рилец а 2 731 м.
• в. Йосифица а 2 697 м.
• в. Канарата а 2 691 м.
• в. Злия зъб а 2 678 м.
• в. Калин а 2 667 м.
• в. Елени връх а 2 654 м.
• в. Царев връх а 2 378 м.
• в. Баучер а 2152 м.

Долини
Главна долина на територията на Община Рила е долината на р. Рилска, която служи за граница между Северозападна, Средна и Югозападна Рила. Долината на р. Рилска е ориентирана в посока югозапад - североизток и е отворена на запад към Струмска долина.

Води
Общината попада в Беломорския водосборен басейн. Водите на територията й се оттичат в Струмския водосборен басейн.

Реки
Централна река на територията на общината е р. Рилска с обща дължина 51 км. с водосборна площ 359 кв. км. Тя извира от Средна Рила - циркуса на Рибни езера, разположен между в. Йосифица, в. Канарата и в. Кьоравица. Отводнява главната езерна област на Средна Рила. Значителни нейни притоци са Маринковица, Сухоезерски поток, Друшлявица, Смрадливия поток, Джендемска река и Гьоленска река, р. Елешница, р. Каменица, Дяволските води, Голяма и Малка Ломница.

Най-голям приток на р. Рилска е р. Илийна с дължина 16 км. и събираща водите на реките Мермерица, Радовица и Краварско дере.

Река Рилска протича в дълбока коритна долина, по която са открити следи от ледника над Рилски манастир. След водослива й с р. Маринковица, Рилска протича спокойно през широко заравнено долинно дъно, заето от мочурища, и носи името Тиха Рила.

Илийна река е най-големият приток на Рилска река. Води началото си от Синьото езеро в Чернатишкия циркус на средна Рила, отводняван от р. Чернатица. Другият й начален приток е Мраморецка река, която отводнява Мраморецкото езеро. Двата потока се събират в западното подножие на рида Мраморец и образуват Илийна река. От многото притоци на Илийна река по - забележителен е Дядоильoв дол, който води началото си югозападно от връх Дъбрава. Името си е получил от скален навес в стръмната камениста долина,който е служел за убежище на Ильо Войвода. Надвесът е известен като Дядо Ильова пещера.

Езера
На територията на Общината попадат 28 планински и високопланински езера, най-големите, от които са циркусни и имат ледников произход

Най-значими за водния баланс на територията на общината са Горно и Долно Рибни езера, Смрадливото езеро, Синьото езеро, Черното езеро, Дяволски езера, Манастирски езера и Сухото езеро.

От тях най-ниско разположено е Сухото езеро, което се намира на 2 045 м. надморска височина и заема площ от 19.5 дка. То е свлачищно езеро, разположено в коритовидна ледникова долина. В него се влива потокът, който отводнява северозападните склонове на седл. Кобилино бранище и потокът от Поповокапските езера. Представлява природен феномен поради факта, че вскриваг водите си през летния сезон. Сухото езеро няма видим отток, а се оттича подземно. Просмуканата вода се появява отново на повърхността югоизточно от Кирилова поляна.

Смрадливите езера са група от три постоянни и три плитки, пресъхващи през лятото езера. Разположени са в Смрадливия циркус, принадлежащ към Рилецкия дял на Средна Рила. Най-малкото има водна площ 8.1 дка, второто по големина а9.6 дка. Обобщителното им наименование е свързано с името на най-голямото от езерата-Смрадливото езеро. То е най-голямото високопланинско езеро на Балканския полуостров с обща площ 224 дка., дължина 900 м., ширина 260 м., дълбочина 24 м. и надморска височина 2 293 м.

Рибните езера са две а Горно и Долно. Горното Рибно езеро е по-голямото и заема площ от 176 дка, а средната му дълбочина е 4.4м. Площта на Долното Рибно езеро е 131.5 дка, а средната му дълбочина е 2.8 м. Разликата във височината между двете езера е 15м.

Манастирските езера са група от три постоянни и две пресъхващи езера. Голямото Манастирско езеро се намира източно от вр. Баба. Площта му е 24.5 дка, максималната му дълбочина е 4м. От него води началото си р. Водница, ляв приток на р. Рилска.

Дяволските езера са седем, разположени на юг от главното Рилецко било в Дяволския циркус, отводняван от р.Дяволска,ляв приток на р.Рилска. Най-високото езеро се намира на западния склон на вр. Рилец. Най - голямото е разположено на източния склон на вр. Теодосиеви караули и е с водна площ 14.6 дка. Две от езерата са наречени Седефени, тъй като дъната им са покрити с мраморни плочи.

На 2 379 м. надморска височина се намира язовир "Калин", което го прави най-високо разположения изкуствен басейн у нас и на Балканския полуостров.

Защитени територии
На територията на община Рила се намира Резерват "Риломанастирска гора" обявен през 1986 г., с площ 3 676 хка. Той е част от горската територия със средна възраст на повечето дървесни видове над 160 год. като горите от бор, бук и мура са на повече от 200, а отделни дървесни видове достигат до 300 години.

Друга защитена територия е Природен парк "Рилски манастир" обявен през месец юни 2000 г. Обхваща площ от 27 370 хка. гори и високопланински пасища.

Тези територии включват местообитания на множество животински и растителни видове. От животинския свят това са: царски орел, картал, видра, сляпо куче, кафява катерица, балканска чучулига, южен белогръб кълвач. От растенията се срещат ендемити като рилска иглика, рилски ревен, светиивановото подрумиче. Съхраняват се около 230 вида лечебни растения и 38 вида ядливи гъби. Тук се намират едни от най-ценните в Европа и единствени в света масиви от царборисова ела и рилски дъб.

Биоразнообразие Флора
В Общината се очертават два добре изразени растителни пояса: горист и тревист. Гористият е най - обширния пояс и е съставен предимно от иглолистни видове: черен бор, бял бор, бяла мура, смърч и ела. Долната граница на този пояс е заета от широколистните видове: бук, габър, ясен, бреза и др. Гористия пояс над 1 500 м. е съставен от храстите боровинки, малини и др. На горната горска граница е разпространен нискорастлия силно разклонен бор а клек.

Тревистия пояс се състои от алпийските пасища, които се простират до 2 600 м. надморска височина. Сред характерните тревисти видове са представени и лилав минзухар, тинтява, омайниче, алпийска роза, кантарион, и др.

Фауна
Типични представители на животинския свят на територията на общината са сърната, благородния елен, дивата коза, дива свиня. От хищниците са разпространени вълк, кафява мечка и лисица. От гризачите най-често срещани са заек, катерица, лалугер, полска мишка, невестулка, белка. Птичия свят е представен от черен орел, сокол, ястреб, глухар,щъркел, лястовица, славей, синигер, врабче, кос, сойка и др. От влечугите се срещат гущер, смок, слепок, водна змия, пепелянка, усойница и др.Реките са обитавани от балканска пъстърва, черна мряна, речен кефал, алпийски тритон, речен рак и др.